تتولى مديرية معهد العلوم الفلاحية الإشراف العام على التسيير الإداري والبيداغوجي والعلمي للمؤسسة، بما يضمن تحقيق رسالتها التعليمية والبحثية وفق معايير الجودة والشفافية. ويقود المديرية مديرة المعهد، وتسهر على:

• تنفيذ السياسات والاستراتيجيات التربوية والعلمية المعتمدة من طرف الجامعة ووزارة التعليم العالي والبحث العلمي.
• تنسيق العمل بين مختلف الأقسام والمصالح البيداغوجية والإدارية لضمان سير الدراسة والخدمات الجامعية في أفضل الظروف.
• متابعة مشاريع البحث العلمي والشراكات مع الهيئات الفلاحية والمهنية على المستويين المحلي والوطني.
• تشجيع المبادرات الطلابية والأنشطة المرافقة لتعزيز الحياة الجامعية وتنمية مهارات الطلبة.
• تمثيل المعهد في اللقاءات الرسمية والملتقيات العلمية، والعمل على ترسيخ مكانته كمؤسسة مرجعية في ميدان العلوم الفلاحية.

وتضم المديرية عدة مصالح وأمانات مكلفة بمهام دقيقة مثل التسجيل والتوجيه، متابعة التكوين، الشؤون المالية والوسائل، العلاقات الخارجية والتعاون، وكلها تعمل في انسجام لدعم رؤية المعهد القائمة على التميز العلمي وخدمة التنمية الزراعية المستدامة في الجزائر.